Foi vice-ministro da Defesa até 2006, quando foi escolhido pelo Presidente da República, José Eduardo dos Santos, a ser o Ministro do Interior.

Ngongo foi demitido do Cargo a 27 de setembro de 2010, pelo Presidente, depois do episódio que gerou a crise diplomática entre Angola e Portugal, quando o Ministro mandou os agentes angolanos prender o empresário português Jorge Oliveira (que estava refugiado em São Tomé e Príncipe, outro país lusófono), acusado de fraude, no final de 2009 para o mandar de volta para Angola.

Na época, o caso recebeu duras críticas aos Governos português e são-tomense, pois não houve pedido de extradição.

Depois de o Ministério do Interior ter reconhecido “o grave erro em que incorreu”, ao mandar prender um criminoso português que se encontrava em liberdade num terceiro país, a Casa Civil do Presidente da República, anunciou que o Presidente demitiu o ministro.

Atualmente é deputado á Assembleia Nacional pelo partido MPLA, sendo o presidente da segunda comissão parlamentar (Comissão de Defesa, Segurança, ordem interna e antigos veteranos da pátria).